המחלקה למיומנויות יסוד שבאגף לחינוך יסודי, עוסקת בכל הקשור למדיניות המשרד לגבי מיומנויות היסוד (ראו חוזר מנכ"ל רכישה וקידום השפה (הכתובה והדבורה - פיתוח כשירות אוריינית , מתימטיקה ומיומנויות השימוש במחשב. מדיניות זו מפורטת בחוזרי מנכ"ל ובפרסומים .

ישנם מספר חוזרי מנכ"ל המתייחסים לתחומי העיסוק והאחריות של המחלקה;
חוזר המנהל הכללי - נ"ב/4 כ"ד בכסלו תשנ"ב, 1991 פדגוגיה - חינוך לאוריינות בבית הספר היסודי .
חוזר המנהל הכללי - הוראות קבע תשס/7 (ב) אדר א' התש"ס, מרס 2000 .
חוזר המנהל הכללי - הוראות קבע ס"א/1 (א) אלול התש"ס ספטמבר 2000, סעיף 3.1 ארגון העבודה הפדגוגית הוראת הקריאה והכתיבה בכיתות א' .

צוות המחלקה. כולל את מנהלת המחלקה ומדריכות ארציות בתחומי הידע השונים.
המחלקה עומדת בקשר עם המחוזות השונים באמצעות מפקחים רפרנטים. (רפרנט הוא מפקח כולל, שנבחר על ידי המחוז להיות הנציג המרכז והאחראי לפעילות בתחום ומקשר בין המטה והמחוז בתחום אחריות זה. במחוזות ישנם רפרנטים לנושאים שונים.)